1 an aprés la fin de la guerre dans une base inachevée de ZAFT se trouvant sur terre un incident technique se produit faisant plusieurs morts, les forces de l'EAF étaient présentes au moment de l'incident, elles étaient censées aidé a reconstruire la base.
Le conseil de ZAFT accuse l'EAF d'y avoir placé des Cyclops lors d'un des précédents conflits et l'EAF accuse ZAFT d'avoir fait venir les troupes de l'EAF pour leur tendre un piége.
Les deux nations se mette petit a petit a ne plus respecter le traité de paix: c'est la guerre.
Les deux camps reconstruise leurs ancien vaisseaux , l'EAF recommence à entrainer des extented et ZAFT vole les unités de l'EAF .
Ils essayent d'obtenir le soutien de Orb mais Cagalli refuse catégoriquement de prendre partit et décide de s'allier avec la Clyne faction dont Lacus est a la tete.